Enquanto isso, o general favorito de Nobunaga, Tokugawa Ieyasu, fora designado para o castelo no leste do país.
Tendo que viajar pelas traiçoeiras passagens montanhosas de Iga, para chegar o seu posto, numa mudança estratégica, ele abordou Hanzo Hattori para guia e protetor em troca de futuros favores. Hattori concordou, pois via nisto a chance de ganhar poder. Então enviou ordens aos ninjas de Iga e Koga para não molestar a caravana de Ieyasu, pois ele mesmo a conduziria. Assim Ieyasu teve passagem segura. Um ano mais tarde, Hydeyoshi percebeu que até o massacre dos cristãos ele tinha criado quase uma casta militar no país, causando a ascendeu ao poder dos samurais. A proibição de porte e posse de armas tinha causado revoltas, tornando a cobrança de impostos muito difícil e interferiu nos planos de expansão do grande general que morreu em 1598. Seu sucessor, Tokugawa Ieyasu, para sufocar as rebeliões e submeter os daymyos, precisava de uma vasta rede de espionagem, para informá-lo do que ocorria no país. Os ninjas de Iga começaram uma enorme operação, infiltrando-se nos castelos e fortes, reportando notícias a Ieyasu sobre nobres dissidentes. Ao receber a retribuição o favor feito a Hidyoshi, Hanzo Hattori foi elevado aos mais altos escalões do poder no governo. Bastante numerosos, os yamabushi foram assassinados às centenas. Os poucos remanescentes bateram em rápida retirada para as vastas e remotas regiões montanhosas de Iga na ilha de Honshu no Japão central para estancar suas feridas. Esta área inóspita era envolta em nevoeiro e as trilhas da montanha eram de difícil acesso e pessoas se aventuravam por lá. Era local ideal para os yamabushi se reagrupassem e se estabelecessem. Algum tempo, outros refugiados políticos, taoistas perseguidos e sacerdotes budistas vagaram pela área isolada buscaram refúgio nos acampamentos yamabushi. Gradualmente por cerca de 4000 anos, os acampamentos se dividiram em clãs. Por união conjugal, sugiram família e os originais yamabushi se tornaram numerosos aos milhares. Em total isolamento, geração após geração, os yambushi puseram cada habilidade adquirido em bom uso eficiente aplicando princípios do trabalho militar. “A arte da guerra”, sempre que os soldados vinham às montanhas em busca de fugitivos político. Tendo uma vez entrado na região de Iga, estes grupos imperiais de busca nunca mais eram vistos. Os yamabushi constituíram famílias e estudaram os ensinamentos e filosofias do Budismo Shugendo em cuja estrutura é uma seita chamada Shingon (palavra verdadeira, muito influenciada pelas crenças tantricas baseadas no misticismo). A crença central para Shingon é “Dainichi”, Buda de infinita luz, que é a fonte de toda existência absoluta e permanente para seus seguidores. Praticantes de ritos secretos que constituíam de ensinamentos envolvendo a reverencia aos espíritos da natureza além da magia, da meditação e o mais importante, a revelação dos segredos da mente humana, esta praticas religiosas chamadas Mikkyo “conhecimento secreto” visava unir as forças mentais com as forças sobrenaturais para interpretar os segredos do universo.
